Ο ΚΟΕΦ είναι ιδιοκτήτης του Μηχανογραφικού Συστήματος Επαλήθευσης Φαρμάκων και ο ρόλος του αφορά στη διασφάλιση της ομαλής λειτουργίας του συστήματος, στην ακεραιότητα του Εθνικού Αποθετηρίου και στη διασφάλιση της ποιότητας και ασφάλειας των δεδομένων που θα διακινούνται και θα αποθηκεύονται στο σύστημα. Οι συνεχείς έλεγχοι του συστήματος θα γίνονται με τη βοήθεια τυποποιημένων διαδικασιών που θα εφαρμόζονται σε όλο το εύρος της λειτουργίας του συστήματος.

Ο Ευρωπαϊκός Οργανισμός Επαλήθευσης Φαρμάκων (EMVO) θα ασκεί έλεγχο στην εφαρμογή των διαδικασιών διαπίστευσης της ποιότητας (QA) από τον ΚΟΕΦ αφού, η όποια ανεπαρκής εφαρμογή του συστήματος ποιότητας ενδεχομένως να θέση σε κίνδυνο την ασφάλεια των δεδομένων σε πανευρωπαϊκό επίπεδο. Η επικοινωνία του ΚΟΕΦ με τους εταίρους που θα χρησιμοποιούν το σύστημα, με τις αρμόδιες αρχές της Κύπρου αλλά και με τους αντίστοιχους οργανισμούς των άλλων χωρών (NMVO’s) αναμένεται ότι, θα είναι συνεχή βάση.